La natamicina es uno de los conservantes de alimentos permitidos a nivel mundial para proteger una amplia variedad de productos tales como queso, carne fermentada, yogur, bebidas, vinos y productos horneados contra los hongos y las levaduras. Debido a los beneficios de la natamicina como un método natural y eficiente de conservación de alimentos, su aplicación tiene un enorme potencial para ampliar la vida útil y evitar la descomposición.
 
La natamicina puede extender significativamente la vida útil de muchos productos. Las áreas principales y de mayor aprobación para la aplicación de la natamicina son el queso y la carne fermentada. Estas categorías de alimentos necesitan de la conservación contra los hongos y las levaduras pero necesitan permitir que los cultivos (es decir, las bacterias) permanezcan activos.
 
La natamicina se mantiene estable en un amplio rango de pH (3 a 9). Como la mayoría de los alimentos tiene un valor de pH entre pH 4 y pH 7, esto hace de la natamicina un conservante de alimentos muy versátil. Para prevenir la descomposición en aplicaciones alimentarias, la natamicina funciona en dosificaciones bajas entre 3 a 20 ppm. Esto se traduce en un porcentaje de 3 a 20 mg de natamicina en 1 kg del producto final.
 
A diferencia de muchas otras opciones de conservación, la aplicación de la natamicina en alimentos no produce cambios en su sabor, color u olor. Esto la hace apta como conservante de alimentos en una amplia gama de productos.